注：转载的一篇文章，我用的是第三种方法，通过重载SetVisibleCore，实现窗体的启动就不显示，也不闪烁一下。
看了两篇文章（1和2），然后把文中的代码整理了以下，文中所述WinForm程序启动时不显示主窗体的实现方法主要有以下5种，个人觉得第五种最简单，而且效果也不错，第四种方法也值得推荐。
实现代码及简短解释如下：
//隐藏窗体的方法1/5：不指定任何窗体为主窗体
//注意：通常，在一个程序中，关闭主窗体，就可以关闭应用程序。
//但是在没有主窗体中，不行。
//只能使用Application.Exit()才能关闭应用程序。
//using可以保证Application结束前，关闭MyMainForm
using (new Form1())
{
Application.Run();
};
//Application.Run(new Form1());
//隐藏窗体的方法2/5：
//通过close()关闭主窗口同时可以关闭应用程序
//隐藏窗体的方法4/5 part1/2： 推荐使用！！！
//ApplicationContext实质上就是一个Application与主窗体之间的连接器，
//掌管着二者之间的互动关系。其中最主要的，就是负责在主窗体
//关闭时结束线程。既然如此，我们只要根据需要自定义一个ApplicationContext就可以了
this.mainFormInternal .Closed += new EventHandler(mainFormInternal_Closed);
}
protected override CreateParams CreateParams
{
get
{
Hide();
return base.CreateParams;
}
}//隐藏窗体的方法3/5：
//这种方法仍然不能用Close主窗口的方式来关闭应用程序， 还得使用Application.Exit。
protected override void SetVisibleCore( bool value)
{
base.SetVisibleCore(false);
}//注意：方法2和3 使用Show好像没办法调出主窗口，比较郁闷。internal class HideOnStartupApplicationContext : ApplicationContext
{
private Form mainFormInternal;// 构造函数，主窗体被存储在mainFormInternal
public HideOnStartupApplicationContext( Form mainForm)
{
this.mainFormInternal = mainForm;// 当主窗体被关闭时，退出应用程序
void mainFormInternal_Closed(object sender, EventArgs e )
{
Application.Exit();
}
}
//在Main中作如下修改：
HideOnStartupApplicationContext context = new HideOnStartupApplicationContext( new Form1());
Application.Run(context );//隐藏窗体的方法5/5： 推荐使用！！！
//在构造函数中或者直接设置form属性
this.ShowInTaskbar = false;
this.WindowState = FormWindowState.Minimized;
程序中配合notifyIcon 控件一起使用，效果很好！
以上代码在VS2005下编译通过。